L'établissement est divisé en plusieurs quartiers et bâtiments. Il comprend:
Il existe également un quartier pour les détenus isolés et un quartier disciplinaire.
La détention est coordonnée par le chef de détention, qui est un officier pénitentiaire.
Chaque bâtiment est placé sous la responsabilité d'un officier (lieutenant).
Chaque officier dispose d'un ou plusieurs gradés adjoints chargés de le remplacer en cas d'absence et de relayer ses consignes.
Les surveillants forment la majorité du personnel de l'établissement.
Au contact direct avec les détenus, leur rôle est essentiel au bon fonctionnement de la maison d'arrêt.
Ils font procéder aux mouvements (promenades, douches, activités diverses), supervisent la distribution des cantines, contrôlent les présences, s'assurent de la sécurité, ouvrent et ferment les portes, procèdent aux fouilles de cellules et aux fouilles et palpations de sécurité.
Leur bonne connaissance des personnes détenues est précieuse dans le repérage des problèmes (dépression, suicidaires, violences, etc).
Conformément aux règles pénitentiaires européennes, les condamnés sont séparés des prévenus. Les condamnés représentent 70% de la population carcérale de la Maison d'Arrêt de Strasbourg.